В Jagged Alliance 3 у игрока будет возможность экипировать свою команду наемников семью различными видами оружия. Каждый из видов вооружения подойдёт для решения определённых задач. Интересной особенностью станет то, что в случае с пистолетами и SMG бойца можно будет вооружить сразу двумя пушками в обе руки – будь то два SMG, два пистолета или комбо SMG и пистолет.
- Пистолеты. Очень точное оружие, стреляющее на близкие дистанции, а также необходимое для использования способности Мобильный выстрел, позволяющий переместиться на новую клетку и сразу сделать выстрел.
- SMG. Сочетают в себе небольшую огневую мощь пистолетов с возможностью автоматического огня. Подходят для специальной атаки Ударь и Убеги, которая позволяет стрелять во время движения со штрафом к точности.
- Пулемёты. Подойдут для тех, кто предпочитает планирование агрессивной игре. Они менее точны при стрельбе от бедра, но могут подавить врага огнём, делая непрерывные атаки по области.
- Дробовики. Обычный выстрел нанесёт небольшой урон по области, симулируя разлетание дроби в стороны, в то время как точный выстрел нанесёт огромное количество урона врагу на ближней дистанции.
- Штурмовые винтовки. Гибкий тип вооружения, которые наиболее гибки при установке модификаций и пригодны для выполнения различных задач. Модифицировать винтовки можно будет с помощью различных частей вроде коллиматорного прицела, глушителя, увеличенного магазина и др.
- Винтовки. Стреляют дальше, но реже, чем штурмовые. Можно модифицировать в снайперские.
- Тяжёлое вооружение. Различного рода гранаты и взрывчатка, которые могут хорошо продемонстрировать разрушаемость игрового мира. Будут и гранатомёты.