На стратегической карте в грядущей стратегии Jagged Alliance 3 можно будет заняться захватом территории. Захватывая новые сектора, игрок сможет получить дополнительные ресурсы, однако враги в лице Легиона и других недружественных объединений смогут предпринять контратаку и отбить захваченные земли. Обычно они будут стремиться к захвату алмазных рудников.
Игрок сможет защитить свои сектора, тренируя местное ополчение. Каждый раз, когда вражеский отряд атакует территорию игрока, у него будет выбор, сыграть ли сражение вручную или провести авторасчёт. Если же на территории есть одно лишь ополчение и нет наёмников, то доступен станет только авторасчёт.
За генерацию вражеских отрядов, атакующих земли игрока, ответственны секторы со сторожевыми постами, и игрок сможет облегчить себе жизнь, вовремя их устраняя. Сторожевые посты представляют собой хорошо укреплённые крепости, и с помощью выполнения различных мини-заданий можно будет ослабить их защиту. Впрочем, никто не запретит попытать свои силы в прямой битве против превосходящего врага и устранить посты гораздо быстрее.