По словам разработчиков, переход Prison Architect 2 в 3D сделает игру интерактивнее и богаче. Например, сам факт наличия 3D карты требует, чтобы камеры заключённых были большего размера, ведь то, что можно было очень тесно укомплектовать в 2D, теперь имеет свой объём. В целом это стало причиной, по которой игровые карты будут больше, чем в первой части. Также любое помещение можно будет декорировать с гораздо большей степенью уникальности.
В игре будет множество различных объектов, с которыми можно взаимодействовать. Простым примером возможностей 3D является реализация двухъярусных объектов: например, работники смогут ставить ящики на нижние и верхние полки склада. По словам разработчиков, многие объекты будут иметь уникальные анимации и аудио озвучку. Также они будут включены в новую систему связей заключённых: если двое будут играть в шахматы или спать на разных ярусах одной кровати, они непременно построят друг с другом социальную связь.