Кроме уже знакомой игрокам смены времени суток, в Cities: Skylines II появятся и сезоны, причём их смена будет происходить на основе региона, в котором играет игрок. Так, в полярном климате стоит ожидать весьма короткое лето и долгую зиму, а в умеренном – более широкий разброс температуры между сезонами.
В Cities: Skylines II цикл день-ночь будет считаться за месяц, а каждый сезон будет состоять из трёх месяцев. При этом ночи будут длиннее зимой. Сезоны будут влиять не только на внешний вид игрового мира, являясь условием для появления снега или дождей, но и окажут эффект не геймплей: например, зимой нужно будет чистить дороги от снега.
Усложнят жизнью игрокам стихийные бедствия. Среди них: лесные пожары, град, и самое опасное – торнадо. Каждое бедствие может по-своему ухудшить функционирование города и потребует индивидуальных средств борьбы. Например, для борьбы с лесными пожарами можно будет построить вышки лесников.