В Jagged Alliance 3 каждое оружие потребует свой специфический тип боеприпасов, и менеджмент амуниции станет одной из игровых механик, которой придётся отдать должное время при прохождении кампании. В создании боеприпасов могут поучаствовать сами наёмники, обладающие достаточным умением и количеством ресурсов.
Тип амуниции будет влиять на ряд параметров оружия, включая то, эффективно ли оно, например, против бронированных противников, или предназначено для нанесения критических выстрелов, вызывающих кровотечение, но лишено бронебойности. Будут даже дозвуковые боеприпасы для тех, кто предпочитает скрытность.
В распоряжении игроков также окажется ряд разнообразных гранат. Помимо классических осколочных, можно будет оглушить противника светошумовыми. Пока что разработчики не пишут конкретики о том, что произойдёт, если боеприпасы закончатся (и может ли это произойти), но ссылаются на классическую механику для оригинальной Jagged Alliance как на основу.