Значительную часть геймплей в Jagged Alliance 3 будут занимать пошаговые тактические битвы, но не менее значительной станет и стратегическая часть. Она будет представлена Долиной Аджани, разделённой на более чем 160 секторов, включая подземные.
Каждый сектор имеет вручную созданную карту для тактических сражений, а также наполнен различными персонажами и, возможно – уникальными квестовыми историями. Некоторые из секторов могут содержать в себе особо сложные цели такие как хорошо защищённые крепости, способные посылать отряды для атаки игрока.
Функция каждого сектора на карте также варьируется: некоторые позволят вашей команде расслабиться и отдохнуть, другие, такие как порты, откроют доступ к передвижению по воде или будут содержать ключевые ресурсы. Разработчики не забыли и о природе: местность, варьирующаяся от саванны до болот, а также наличие дорог способны ускорить либо замедлить скорость передвижения.