Jagged Alliance 3 можно будет пройти не только в одиночку, но и вдвоём с другом. В кооперативном режиме хост сможет загружать любые сохранения из одиночной игры. И наоборот: в любое время каждый из игроков сможет продолжить имеющиеся кооперативные сохранения в одиночном режиме. Кооператив позволит разделить наёмников и ресурсы между двумя игроками и будет иметь существенное ограничение, сделанное с целью сохранения игры интересной для обоих – одновременно два игрока смогут находиться только в одном секторе. Игроки смогут сражаться только как союзники, PVP не будет.
В целом, разработчики провели большую работу над тем, чтобы все элементы игры, включая диалоги, адекватно реагировали на присутствие одновременно двоих игроков и не вызывали рассинхронхронизацию. Геймплей также будет наказывать троллинг: игроки смогут стрелять в наёмников друг друга, но ведь это будут также и их собственные наёмники…
Также, вскоре после релиза, разработчики обещают добавить в игру поддержку моддинга, открыв для игроков множество собственных инструментов, включая редактор персонажей и редактор карт. Моддинг будет доступен для пользователей различного уровня профессионализма: можно будет как создать новых персонажей и оружие из уже готовых частей, так и загрузить свои собственные модели из Blender и полностью кастомизировать любую часть игры.