Игра предлагает построить своё поселение на древнем полуострове Юкатан и попробовать завоевать статус легендарного Золотого города. Кроме стандартного менеджмента населения и добычи ресурсов, El Dorado включает систему поклонения древнеиндейским божествам, часть которой – легендарные жертвоприношения.
Кроме экономического развития, El Dorado включает боевую систему, в рамках которой игроки могут завоёвывать новые земли или просто грабить соседей ради получения дополнительного золота. В игре также придётся бороться с природными катаклизмами, насланными разгневанными богами.