Разработчики Xenonauts 2 добавили в игру множество уникальных способностей для разных видов пришельцев и переосмыслили уже существовавшие. В отличие от способностей, которые были в Xenonauts 1, новые способности станут менее раздражающими и более интересными. Вот пара примеров.
Была переработана уникальная способность Призрака. В первой части она позволяла этим пришельцам телепортироваться по всей карте, что зачастую затрудняло поиск последнего врага. В Xenonauts 2 они вместо этого имеют маскирующее поле, значительно усложняющее вероятность попадания по мере увеличения дистанции, но отключающееся при получении любого урона.
Кибердрон – пришелец, который появится в поздней стадии игры, обладает очень крепкой лобовой бронёй и всегда поворачиваться в сторону любого звука – будь то выстрел или шаги. Чтобы справиться с ним, игроку нужно будет окружить его с разных сторон.